La création de Radio libertaire a été décidée à l'unanimité, après de longs débats contradictoires, par le congrès de mai 1981 de la Fédération anarchiste. Cette radio n'avait alors pas encore de nom, pas d'indicatif, pas vraiment un projet, pas d'animateurs, et pour son lancement le modique budget de 15 000 francs. L'usage de la radio par les anarchistes comme moyen de diffusion de leurs idées s'inscrivait dans une longue tradition, comme en 1921, lorsque les insurgés de Kronstadt ont lancé des messages radio, ou en 1936, en Espagne, avec Radio CNT-FAI. Mais surtout, en 1981, le lancement de Radio libertaire prolonge des initiatives plus récentes de participation anarchiste au mouvement des radios libres, en France à la fin des années 1970, avec notamment Radio-Trottoir (à Toulon) et Radio-Alarme, dont les animateurs étaient des membres de la Fédération anarchiste.
Les émissions commencent le 1er septembre 1981 à 18 heures, depuis une cave de la Butte Montmartre dans des conditions précaires : un studio de 12 m², avec un bric-à-brac de matériel de récupération, et une équipe de six personnes.
Le 28 août 1983, dans le cadre d'une politique générale du gouvernement français tendant à faire cesser le désordre des émissions de la bande FM, des CRS se présentent devant les locaux de Radio libertaire, défoncent la porte, et saisissent le matériel [1]. Des animateurs sont frappés et interpellés, le câble d'antenne et le pylône sont sectionnés, malgré la présence de nombreux auditeurs. Cette intervention de l'État entraîne de vives réactions, notamment le 3 septembre, avec une manifestation de 5000 personnes, et la reprise des émissions de Radio libertaire[réf. nécessaire].
La radio ne touche pas de subvention (sauf celles du fond de péréquation de la bande FM), elle vit du bénévolat des animateurs, des dons et de la carte d'auditeur.
Radio libertaire, qui ne pouvait être capté par ondes hertziennes que dans Paris et sa proche banlieue, est maintenant également diffusée mondialement sur internet.
